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Shenzhen_BGIC_0101_2013

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熱諾沃

歡迎來到傑諾沃世界。我們是Shenzhen_BGIC_0101_2013團隊。請前往專案頁面以獲得更好的查看效果。 :)

我們所做的是

新氯

Neochr 模組將幫助使用者手動抓取不同途徑中的相關基因，邏輯地重新連接基因的關係*，並用得分更高的直向同源物替換基因*。

核素模組

NucleoMod 是修改 Neochr 模組產生的基因 CDS 序列的模組。此模組包含 5 個插件：CRISPR 設計、擦除酶位點、建立酶位點、密碼子優化、重複粉碎。所有這些插件都允許用戶更改或優化基因。 NucleoMod操作完成後，下一步就是SegmMan根據染色體長度設計合成方法。

分段曼

合成器或合成晶片可以高精度達到3kb DNA序列，但染色體並沒有那麼短。 SegmMan可以解決這個問題，它將染色體分割成30k片段，解析出其退出的酵素位點後，繼續分割成10k和2k片段。在10k和2k水平上，其會添加載體同源區域並設計酶位點。

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安裝嚮導

我們的軟體完全基於JBrowse，它是下一代GBrowse。如果你已經安裝了 JBrowse，只需拉 git 並使用。

安裝JBrowse

若要安裝 JBrowse，請參閱 http://gmod.org/wiki/JBrowse 上的主要 JBrowse wiki。

簡短描述：

將下載檔案解壓縮到 www 根資料夾中(/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)
cd j瀏覽器
./install.sh # 使用cpan安裝所有需要的perl包，如果一切順利，你可以打開http://localhost/jbrowse/index.html?data=sample_data/json/volvox

軟體需求

perl5
php5（用於 REST api 和後端伺服器）
阿帕契
Linux（在 Debian 上測試）
git（用於版本控制外掛）
Biopython 和 UNAFoldt（用於晶片插件）
Blast+（用於 NucleoMod 外掛程式）
Chrome, Firefox, and IE10 is recommand

許可要求

您需要透過編輯 /etc/apache2/envvars 來更改 apache 權限

  export APACHE_RUN_USER=`whoami`
  export APACHE_RUN_GROUP=`whoami`

和

  sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
  sudo /etc/init.d/apache2 restart

Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json

Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin

安裝 Genovo

將plugins/、server/複製到Jbrowse。

安裝 NucleoMod 插件

NucleoMod 依賴 Blast+，因此如果您使用基於 Debian 的系統： apt-get install ncbi-blast+

或者您可以從以下位置安裝： ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

安裝晶片插件

從以下位置下載並安裝 UNAFoldt 和 Biopython：

UnaFold http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php

Biopython：http://biopython.org/DIST/docs/install/Installation.html

安裝版本控制插件

git is needed

任何其他插件都是可移植的

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Genovo 伺服器端教程

資料夾結構：

 ./data/    
   |-NeoChr_5_add          # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
   |---01.whole2mega       # SegmMan plugin  data
   |---02.globalREmarkup   # SegmMan plugin  data
   |---03.mega2chunk2mini  # SegmMan plugin  data
   |---chip_data           # chip design
   |---names               # prefix for search
   |---seq                 # crc32 encode refsequence  name path
   |-----d7f
   |-------417
   |---------f1
   |---tracks             # track display in browser
   |-----gene             # track cluster
   |-------NeoChr         # Genome Name 
   |-----part
   |-------NeoChr
   |-----Transcript
   |-------NeoChr

 ./server/
   |-bin
   |---chip_new           # create new chip data 
   |-----ols-pool-generation-script
   |-------output-oligos-and-primers
   |---GetPrice           # fetch enzyme price
   |---segmentation       # SegmMod plugin 
   |-config               # plugins config data
   |---features            
   |---geneset
   |---globalREmarkup
   |---markers
   |---Optimize
   |-doc                    # document about plugins
   |-lib                    # library used
   |-pathway                # pathway data used 
   |-REST                   # end-side REST implement
   |-------chip
   |-------features
   |-------modify
   |-------Segmentation
   |-------stats
   |---config
   |-rewire

休息API

 base_url = server/REST/index.php

# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end   
POST base_url/features/delete

# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)

# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav

# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&

# add loxp, centremele, ARS and so on
POST	/modify/Add

#  SegmMod plugin 
POST 	/Segmentation/globalREmarkup
	        /Segmentation/mega2chunk2mini
	        /Segmentation/whole2mega
GET  	/Segmentation/info
	
# Nucleo plugin
POST     /NucleoMod

# chip plugin
POST	/chip/chip

GET 	/stats/config 

# for get downloadable data information
GET /data/info

此外，我們的伺服器端實作是靈活的。使用者可以設定伺服器端的電源使用資料。

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