xyz2mol

xyz2mol 現已在 RDKit 中實現

 raw_mol = Chem.MolFromXYZFile('acetate.xyz')
mol = Chem.Mol(raw_mol)
rdDetermineBonds.DetermineBonds(mol,charge=-1)

將笛卡爾座標轉換為一個或多個分子圖

給定.xyz檔案形式的笛卡爾座標，程式碼將建構一個或多個分子圖的列表。如果存在多種可能的共振形式，則 xyz2mol 會傳回所有共振形式的列表，否則僅傳回其中一個的列表。

此代碼基於 DOI 的工作：10.1002/bkcs.10334

 Yeonjoon Kim and Woo Youn Kim
"Universal Structure Conversion Method for Organic Molecules:
From Atomic Connectivity to Three-Dimensional Geometry"
Bull. Korean Chem. Soc.
2015, Vol. 36, 1769-1777

設定

取決於rdkit 、 numpy和networkx 。透過 anaconda/conda 最簡單的設定：

conda install -c conda-forge xyz2mol

獨立環境的設定可透過Makefile進行。要設定和測試，只需克隆項目並製作即可。

 git clone https://github.com/jensengroup/xyz2mol

然後在xyz2mol資料夾中執行以下命令

 make
make test

請注意，也可以在沒有networkx依賴項的情況下執行程式碼，但速度較慢。

用法範例

讀入 xyz 檔案並列印出 SMILES，但不要對手性進行編碼。

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz --ignore-chiral

讀入xyz檔案並列印出SDF格式，儲存在檔案中

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz -o sdf > save_file.sdf

讀取帶有費用的 xyz 檔案並列印出 SMILES

 xyz2mol.py examples/acetate.xyz --charge -1

依賴項：

 rdkit # (version 2019.9.1 or later needed for huckel option)
networkx