femto

關於

FEMTO 是一種用於查詢位元組序列的索引和搜尋系統。 FEMTO 代表具有吞吐量最佳化的外部記憶體的 FM 指數。該工具支援與 MPI 並行建立大型索引，然後使用多執行緒伺服器搜尋大型索引。

要求

FEMTO 需要 64 位元機器來建置和測試。 32 位元計算機僅支援搜尋。眾所周知，FEMTO 是使用適用於 Linux/x86-64 的 GCC 建構的。

要從發布 tarball 建置 FEMTO，您將需要 C++ 編譯器、libssl-dev 和可選的 MPI。從原始程式碼建置時，您還需要 flex、bison、autotools 和 libtool。它已與 GNU bison 2.5 和 2.4.1 配合使用。

並行索引建置需要 MPI。請注意，不支援 MPI 在不同位元組順序的計算機上運行。

如果您想使用 MPI 並行索引構造，則需要安裝支援執行緒的 MPI 版本。我們使用的是OpenMPI 1.8.8，配置方式如下：

 ./configure --prefix=/opt/openmpi1.8.8 --enable-mpirun-prefix-by-default --enable-mpi-thread-multiple --with-threads
 製作
 在所有運算節點上進行安裝#
 # 確保 mpirun 和 mpicc 位於與 FEMTO 一起使用的路徑中
 匯出 PATH=$PATH:/opt/openmpi1.8.8/bin
 匯出 LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi1.8.8/lib

彙編

首先確保您已滿足要求！

我們建議從 https://github.com/femto-dev/femto/releases 中的 FEMTO 版本 tarball 開始。

如果您喜歡使用原始程式碼簽出，則還有其他建置依賴項。

如果您從來源簽出開始，就像

 git 克隆 https://github.com/femto-dev/femto.git
 CD飛行小區

您還需要產生配置腳本：

 sh autogen.sh

若要建置 FEMTO，請發出以下命令：

 ./配置
 製作

你會看到很多警告，提示事物已聲明/定義但未使用；這是正常現象，不是問題。如果出現錯誤且編譯失敗，則可能沒有安裝所有必要的開發庫。 （例如，如果它正在運行 g++ 並且無法找到 -lssl，則表示您需要安裝 libssl）

若要執行包含的單元測試，請使用

 進行檢查

安裝

若要在特定位置安裝 FEMTO，請務必在設定行中包含 --prefix，如下所示

 ./configure --prefix ~/femto_install

照常，

 進行安裝

將把 FEMTO 工具安裝到 ./configure 指定的目的地。

您也可以從建置目錄中執行命令。

有關安裝 FEMTO apache 模組的信息，請參閱 src/mod_femto/README。

用法

要建立索引，請運行

 femto/src/dcx_cc/femto_index --tmp /path/to/tmp_dir 
                             --outfile索引.femto 
                             檔案或目錄到索引

然後，要查詢索引，請使用 femto_search。若要計算出現的次數（快速！），請使用：

 femto/src/main_cc/femto_search /path/to/index_dir --count '模式'

若要報告符合的文件（時間取決於報告的數量），請使用：

 femto/src/main_cc/femto_search/path/to/index_dir '模式'

若要報告匹配的文件和偏移量（時間取決於報告的數量），請使用：

 femto/src/main_cc/femto_search /path/to/index_dir --offsets 'pattern'

若要詳細了解可以使用哪些類型的模式，請參閱 femto/src/main/QUERY_FORMAT.txt

第三人致謝

FEMTO 來源包括 Google RE2 套件、jQuery、jQuery SlickGrid 和 jQuery SVG。