kma

讓我四處走動（ kma ）：內含子保留檢測

kma是一個R包，可使用生物學重複和重採樣進行內含子保留估算和檢測。可以始終在https://github.com/pachterlab/kma上找到更新的代碼

安裝

要安裝，首先要確保您擁有所需的軟件包：

 required_packages <- c("devtools", "data.table", "reshape2", "dplyr")
install.packages(required_packages)

然後，您可以使用devtools安裝軟件包：

 devtools::install_github("pachterlab/kma")

假設一切順利，請加載kma ：

 library("kma")

教程

安裝後，請參閱R中的小插圖：

 vignette("kma")

錯誤和功能請求

請在github上提交。

未來的工作

• 其他探索性分析繪圖工具
• 在實驗條件之間提供差異內含子用法分析
  • 我們目前有一些關於如何執行此操作的想法，並可能很快實施
• 提供時間序列分析

作者

軟件由Harold Pimentel開發。使用Lior Pachter和John Conboy開發了方法。

相關開源工具

在下面，您將找到相關工具的列表以及它們與kma的不同之處。

dexseq

DexSeq對跨基因區域的差異使用感興趣。結果，它不能確定是否正在“使用”內含子（相對於Transript表達），而只是“使用差異”。

味o

Miso可以計算（PSI）中的內含子百分比，儘管目前需要從其網站上進行修改的註釋。 kma目前可以使用任何註釋，因為在預處理步驟中將處理註釋。另外，莫斯（Miso）當前不提供重複的內置支持。