bx python

BX-Python

BX-Python項目是一個Python庫，是相關的腳本集，用於快速實施基因組量表分析。該庫包含各種有用的模塊，但特定的優勢是：

• 用於閱讀和使用基因組規模多個局部對齊的課程（MAF，AXT和LAV格式）
• 用於在磁盤文件上索引的通用數據結構，這些磁盤文件包含與各個序列間隔相關的數據塊（例如，使用，用於隨機訪問大型文件中的單個對齊；優化用於網絡文件系統的使用）
• 與序列間隔一起工作的數據結構
  • “ Binned Bitset”的作用就像染色體大小的位陣列，但懶惰地分配區域，並允許所有設置的大塊或所有未設置的位都被緊湊地存儲
  • 用於執行快速交叉測試的“ InterSecter”，可保留查詢和目標間隔以及相關註釋

要求

當前構建需要liblzo，例如debian/ubuntu上的sudo apt-apt-get安裝liblzo2-dev。

安裝

包裝可以使用PIP安裝：

pip install bx-python

它可以在Bioconda（推薦）中使用：

conda install -c conda-forge -c bioconda bx-python

它可以在Debian和Ubuntu中使用：

sudo apt install python3-bx

也可以從存儲庫的結帳中構建：

python setup.py install