برو اي بي سي 2
v0.1.2
يتنبأ ببقايا الجسم المضاد التي ستتصل بالمستضد ونوع التفاعل باستخدام الشبكة العصبية التلافيفية (CNN).
يتوفر proABC-2 محليًا كحزمة بايثون وكحاوية Docker. انظر التعليمات أدناه لكل حالة.
صورة عامل الإرساء متاحة في Github Container Registry ويمكن سحبها باستخدام الأمر التالي:
docker pull ghcr.io/haddocking/proabc-2:latestيحتوي proABC-2 على بعض تبعيات الجهات الخارجية التي يجب تثبيتها قبل تشغيل البرنامج.
يتوفر proABC-2 على PyPI ويمكن تثبيته باستخدام النقطة باستخدام Python3.7:
pip install proabc-2
ويعتمد أيضًا على برنامجين تابعين لجهة خارجية، هما HMMER وIGBLAST، راجع قسم الجهة الخارجية لمزيد من المعلومات.
قم بإعداد البيانات لتشغيل المثال:
proabc2-prediction في الدليل الجذر. mkdir proabc2-predictionproabc2-prediction بالمحتوى التالي: echo ">APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta
echo ">APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta
docker run
--rm
--user $( id -u ) : $( id -g )
-v ` pwd ` :/data
ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest
proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta proabc2 proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta
سيكون الإخراج في نفس المجلد مثل ملفات الإدخال، المسمى باسم heavy-pred.csv و light-pred.csv .
وهي تتكون من عدة أعمدة:
| تشوثيا | تسلسل | نقطة | hb | hy |
|---|---|---|---|---|
| 1 | ه | 0.23 | 0.17 | 0.24 |
| 2 | V | 0.23 | 0.15 | 0.23 |
| 3 | س | 0.14 | 0.14 | 0.16 |
| ... | ... | ... | ... | ... |
$ head proabc2-prediction/ * pred.csv
== > proabc2-prediction/heavy-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,E,0.24,0.18,0.24
1,2,V,0.25,0.15,0.25
2,3,Q,0.16,0.16,0.17
3,4,L,0.14,0.14,0.17
4,5,V,0.14,0.15,0.15
5,6,E,0.16,0.16,0.16
6,7,S,0.14,0.16,0.13
7,8,G,0.17,0.13,0.16
8,9,G,0.14,0.14,0.15
== > proabc2-prediction/light-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,D,0.25,0.18,0.2
1,2,I,0.23,0.15,0.2
2,3,Q,0.15,0.16,0.17
3,4,M,0.15,0.14,0.15
4,5,T,0.16,0.15,0.16
5,6,Q,0.15,0.16,0.14
6,7,S,0.15,0.14,0.12
7,8,P,0.15,0.14,0.13
8,9,S,0.14,0.14,0.14يقبل proABC-2 أيضًا تسلسلات الحمض النووي لسلاسل الأجسام المضادة ويستخدم وحدة Biopython Seq للترجمة إلى تسلسلات بروتينية.
