proABC 2

proABC-2

Memprediksi residu antibodi yang akan melakukan kontak dengan antigen dan jenis interaksinya menggunakan Convolutional Neural Network (CNN).

Instalasi

proABC-2 tersedia secara lokal sebagai paket python dan sebagai container Docker. Lihat petunjuk di bawah untuk setiap kasus.

Buruh pelabuhan

Gambar buruh pelabuhan tersedia di Github Container Registry dan dapat ditarik menggunakan perintah berikut:

docker pull ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest

Lokal

proABC-2 memiliki beberapa dependensi pihak ketiga yang harus diinstal sebelum menjalankan perangkat lunak.

proABC-2 tersedia di PyPI dan dapat diinstal menggunakan pip menggunakan Python3.7:

 pip install proabc-2

Itu juga tergantung pada dua perangkat lunak pihak ketiga, HMMER dan IGBLAST, periksa bagian pihak ketiga untuk informasi lebih lanjut.

Contoh (Lokal dan Docker)

Siapkan data untuk menjalankan contoh:

• Buat folder bernama proabc2-prediction di direktori root.

mkdir proabc2-prediction

• Buat file fasta berat dan ringan di dalam proabc2-prediction dengan konten berikut:

APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta">

 echo ">APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta

APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta">

 echo ">APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta

Eksekusi (buruh pelabuhan)

docker run 
  --rm 
  --user $( id -u ) : $( id -g ) 
  -v ` pwd ` :/data 
  ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest 
  proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

Eksekusi (Lokal)

 proabc2 proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

Hasil

Outputnya akan berada di folder yang sama dengan file input, diberi nama heavy-pred.csv dan light-pred.csv .

Mereka terdiri dari beberapa kolom:

• Chothia : posisi residu menurut skema penomoran Chothia
• Urutan : jenis residu untuk setiap posisi
• pt : kemungkinan terjadinya interaksi umum dengan antigen
• hb : peluang terjadinya ikatan hidrogen dengan antigen
• hy : kemungkinan terjadinya interaksi hidrofobik dengan antigen

Chothia	Urutan	pt	hb	hy
1	E	0,23	0,17	0,24
2	V	0,23	0,15	0,23
3	Q	0,14	0,14	0,16
...	...	...	...	...

$ head proabc2-prediction/ * pred.csv
== > proabc2-prediction/heavy-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,E,0.24,0.18,0.24
1,2,V,0.25,0.15,0.25
2,3,Q,0.16,0.16,0.17
3,4,L,0.14,0.14,0.17
4,5,V,0.14,0.15,0.15
5,6,E,0.16,0.16,0.16
6,7,S,0.14,0.16,0.13
7,8,G,0.17,0.13,0.16
8,9,G,0.14,0.14,0.15

== > proabc2-prediction/light-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,D,0.25,0.18,0.2
1,2,I,0.23,0.15,0.2
2,3,Q,0.15,0.16,0.17
3,4,M,0.15,0.14,0.15
4,5,T,0.16,0.15,0.16
5,6,Q,0.15,0.16,0.14
6,7,S,0.15,0.14,0.12
7,8,P,0.15,0.14,0.13
8,9,S,0.14,0.14,0.14

proABC-2 juga menerima rangkaian DNA dari rantai antibodi dan menggunakan modul Biopython Seq untuk diterjemahkan menjadi rangkaian protein.

Kutipan

• F. Ambrosetti, TH Olsen, PP Olimpieri, B. Jiménez-García, E. Milanetti, P. Marcatilli, AMJJ Bonvin. "proABC-2: Prediksi Kontak AntiBodi v2 dan penerapannya pada docking berbasis informasi", Bioinformatika ,, btaa644,