URD
Version 1.1.1
URD는 단일 세포 RNA 서열 분석 데이터를 사용하여 분기 트리 형태로 사양 또는 분화 프로세스의 기본 전사 궤적을 재구성하도록 설계된 R 패키지입니다. 세계수를 키우며 모든 운명을 결정하는 북유럽 신화의 인물 이름을 따서 명명되었습니다.
URD는 다음에 설명되어 있습니다.
Zebrafish 배아 발생 중 발달 궤적의 단일 세포 재구성.
Farrell JA & Wang Y(동등 기여), Riesenfeld SJ, Shekhar K, Regev A & Schier AF(동등 기여).
사이언스 2018년 4월 26일. doi: 10.1126/science.aar3131
시작하려면 빠른 시작 튜토리얼을 확인하세요: (보기) (다운로드)
Farrell & Wang 등의 전체 보충 분석. 제브라피시 배아 발생(수정 후 3.3-12시간) 동안 발달 궤적의 재구성을 설명하는 것도 가능합니다.
Siebert, Farrell 등의 전체 보충 분석. 성인 히드라의 발달 궤적 재구성을 설명하는 자료도 제공됩니다.
Siebert, Farrell 등의 처리된 데이터를 플로팅하기 위한 튜토리얼입니다. (다운로드는 아래 참조) 여기에서 다운로드할 수 있습니다.
Farrell & Wang 등의 제브라피시 배아 발생(수정 후 3.3~12시간)에서 처리된 URD 개체. Broad Single-cell Portal에서 다운로드할 수 있습니다(로그인 필요).
Siebert, Farrell 등의 성인 Hydra에서 처리된 URD 개체. Broad Single-cell Portal(로그인 필요) 또는 Data Dryad에서 다운로드할 수 있습니다.
자세한 변경 사항과 마이너 버전은 NEWS.md에 나와 있습니다.
버전 1.1 출시! 여기에는 NMF 모듈 분석을 사용하여 이중선을 감지하고 제거하는 새로운 기능, 의사 시간을 기준으로 유전자 발현을 관찰하는 새로운 기능, 데이터 검사를 위한 새로운 플로팅 기능이 포함됩니다. 이는 단일 세포 분해능에서 해결된 Hydra의 줄기 세포 분화 궤적이라는 출판물과 함께 제공됩니다.
버전 1.0 출시! 이는 제브라피시 배아 발생 중 발달 궤적의 단일 세포 재구성 원고와 함께 제공됩니다!
