spfy 다운로드 - spfy 소스 코드 다운로드

spfy

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ve V

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spfy : 대장균 전체 게놈 서열에서 하위 유형을 예측하고 인구 전체 비교 분석을 위한 그래프 데이터를 구축하는 플랫폼입니다.

출판명: Le,KK, Whiteside,MD, Hopkins,JE, Gannon,VPJ, Laing,CR spfy : 박테리아 표현형의 실시간 예측 및 다운스트림 비교 분석을 위한 통합 그래프 데이터베이스. 데이터베이스(2018) Vol. 2018: 기사 ID bay086; doi:10.1093/데이터베이스/bay086

라이브: https://lfz.corefacility.ca/superphy/spfy/

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사용:

Docker를 설치합니다(Linux를 사용하는 경우 Docker-Compose를 별도로 설치, 링크). mac/windows 사용자는 Compose가 Docker 엔진과 함께 번들로 제공됩니다.
git clone --recursive https://github.com/superphy/spfy.git
cd spfy /
docker-compose up
http://localhost:8090을 방문하세요.
케이크를 먹어요?

하위 모듈 빌드 상태:

EC유형기:

팬프레딕:

Conda용 Docker 이미지:

통계:

다양한 인구 그룹 비교:

전반적인 성과

하위 유형 지정 모듈의 런타임:

개별 분석의 런타임

CLI: 그래프 파일 생성:

rdf 그래프(거북 파일로 직렬화됨)만 생성하려는 경우:

먼저 miniconda를 설치하고 https://raw.githubusercontent.com/superphy/docker-flask-conda/master/app/environment.yml에서 환경을 활성화하십시오.
cd를 app 폴더(일반적으로 RQ 작업자가 실행되는 위치)로 이동합니다. cd app/
savvy.py를 다음과 같이 실행하세요: python -m modules/savvy -i tests/ecoli/GCA_001894495.1_ASM189449v1_genomic.fna 여기서 -i 뒤의 인수는 게놈(FASTA) 파일입니다.

CLI: 온톨로지 생성:

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spfy 에 대한 온톨로지는 https://raw.githubusercontent.com/superphy/backend/master/app/scripts/spfy_ontology.ttl에서 사용할 수 있습니다. https://raw.githubusercontent.com/superphy/backend/master를 사용하여 생성되었습니다. /app/scripts/generate_ontology.py spfy 백엔드 코드의 공유 기능이 포함되어 있습니다. 이를 실행하려면 다음을 수행하십시오. 1. cd app/ 2. python -m scripts/generate_ontology 그러면 온톨로지를 app/ 에 넣을 것입니다.

http://www.visualdataweb.de/webvowl/을 사용하여 .ttl 파일에서 예쁜 다이어그램을 생성할 수 있습니다.

CLI: Reactapp 없이 대기열에 하위 입력 작업 추가:

메모

현재 .fna 파일용으로만 설정되어 있습니다.

다음을 통해 프런트 엔드 웹 사이트를 우회하고 하위 입력 작업을 대기열에 추가할 수 있습니다.

먼저 모든 게놈 파일이 포함된 호스트 디렉터리를 컨테이너의 /datastore 에 마운트합니다.

예를 들어 /home/bob/ecoli-genomes/ 에 파일을 보관하는 경우 docker-compose.yml 파일을 편집하고 다음을 바꿉니다.
 volumes :
- /datastore
와 함께:
 volumes :
- /home/bob/ecoli-genomes:/datastore

그런 다음 도커 구성을 중단하고(실행 중인 경우) 다시 시작합니다.

docker-compose down
docker-compose up -d

웹 서버 컨테이너에 끌어다 놓고(작업자 컨테이너도 작동하지만) 스크립트를 실행합니다.

docker exec -it backend_webserver_1 sh
python -m scripts/sideload
exit

게놈 폴더에 잔여물이 생성될 수 있습니다.

건축학:

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도킹 이미지	포트	이름 s	설명
백엔드-rq	80/tcp, 443/tcp	백엔드_작업 ker_1	주요 Redi 대기열 작업자
백엔드- rq-b 지연 그래프 h	80/tcp, 443/tcp	백엔드_wor ker- blaz egra ph-i ds_ 1	이것은 blaz egra ph 데이터베이스에 대한 spfy ID 유전자 비율을 처리하는 것입니다.
백엔드	0.0. 0.0: 8000 ->80 /tcp, 443/tcp	백엔드_웹 -ngi nx-u wsgi _1	작업을 처리하는 Flas k 백엔드
슈퍼 rphy /bla zegr aph: 2.1. 4인치 페퍼 엔싱	0.0. 0.0: 8080 ->80 80/tcp	백엔드_bla zegr aph_1	Blaz egra ph 데이터베이스
레디 s:3. 2	6379 /TCP	백엔드_빨간색은_1	Redi의 데이터베이스
리액 탭	0.0. 0.0: 8090 ->50 00/tcp	백엔드_rea ctap p_1	프론트 t-en d에서 spfy 로

추가 세부사항:

superphy/backend-rq:2.0.0 이미지는 확장 가능합니다 . 처리 능력이 필요하거나 보유한 만큼 인스턴스를 생성할 수 있습니다. 이미지는 RGI 호출을 포함하여 대부분의 작업을 처리하는 multiples 대기열(12개 작업자)을 수신하는 역할을 담당합니다. 또한 ECTyper 실행하는 singles 큐(1 작업자)를 수신합니다. 이는 RGI 방정식에서 가장 느린 부분이기 때문에 수행됩니다. 작업자 관리는 supervisor 에서 처리됩니다.

superphy/backend-rq-blazegraph:2.0.0 이미지는 확장 가능하지 않습니다. Blazegraph 데이터베이스에서 중복 항목을 쿼리하고 spfy ID를 순차적 으로 할당하는 역할을 담당합니다. 성능 향상을 위해 기능을 가능한 한 최소화합니다(ID 생성은 병렬 파이프라인의 병목 현상 중 하나이므로). 비교는 제출된 파일의 sha1 해시에 의해 수행되며, 중복되지 않은 파일은 생성된 spfy ID를 파일 해시에 연결하여 ID를 예약합니다. 작업자 관리는 supervisor 에서 처리됩니다.

Flask 엔드포인트를 실행하는 superphy/backend:2.0.0 은 supervisor 사용하여 내부 프로세스( nginx , uWsgi 를 관리합니다.

블레이즈그래프:

현재 Blazegraph 버전 2.1.4를 실행하고 있습니다. Blazegraph를 별도로 실행하려면 동일한 버전을 사용하십시오. 그렇지 않으면 엔드포인트 URL/반환에 문제가 있을 수 있습니다(즉, 버전 2.1.1). #63을 참조하세요. 또는 /app/config.py 의 database['blazegraph_url'] 에서 엔드포인트를 적절하게 수정하세요.