ข้อมูลเชิงพื้นที่ของนาปารี
0.5.3
พื้นที่เก็บข้อมูลนี้มีปลั๊กอิน napari สำหรับการสำรวจและใส่คำอธิบายประกอบออบเจ็กต์ SpatialData แบบโต้ตอบ คุณจะพบเอกสาร napari-spatialdata ได้ที่นี่ napari-spatialdata เป็นส่วนหนึ่งของระบบนิเวศ SpatialData หากต้องการเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับ SpatialData โปรดดูเอกสารประกอบข้อมูลเชิงพื้นที่
คุณสามารถติดตั้ง napari-spatialdata ผ่าน pip:
pip install napari-spatialdata[all]
คำสั่ง all จะติดตั้งการเชื่อมโยง qt PyQt5
คุณสามารถหารายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับเรื่องนี้ได้ในคำแนะนำในการติดตั้ง
หากคุณต้องการใช้ปลั๊กอินเป็นโปรแกรมอ่าน zarr เริ่มต้น ใน napari โปรดไปที่ File -> Preferences -> Plugins และทำตามคำแนะนำภายใต้ File extension readers
คุณสามารถติดตั้ง napari-spatialdata จาก Github ด้วย:
pip install git+https://github.com/scverse/napari-spatialdata
หรือคุณสามารถติดตั้งในโหมดแก้ไขได้หลังจากโคลน repo โดย:
git clone https://github.com/scverse/napari-spatialdatacd napari-spatialdatapip install -e .
หมายเหตุ: เมื่อทำการติดตั้ง napari-spatialdata ที่แก้ไขได้ spatialdata พื้นที่จะถูกติดตั้งใหม่จาก pip ดังนั้น หากก่อนหน้านี้คุณได้ทำการติดตั้ง spatialdata ที่แก้ไขได้ คุณจะต้องรัน pip install -e . อีกครั้ง บนพื้นที่เก็บ spatialdata โปรดดูรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับเรื่องนี้ในคำแนะนำในการติดตั้ง
หากต้องการเรียนรู้วิธีใช้ปลั๊กอิน napari-spatialdata โปรดดูเอกสารประกอบ หากต้องการเรียนรู้วิธีผสานรวมข้อมูลเชิงพื้นที่เข้ากับเวิร์กโฟลว์การวิเคราะห์ของคุณ โปรดดูบทช่วยสอน SpatialData โดยเฉพาะ:
การอธิบายภูมิภาคที่สนใจด้วยนาปาริ
ใช้คำอธิบายประกอบแบบแลนด์มาร์คเพื่อจัดเลเยอร์ -omics หลายชั้น
ยินดีเป็นอย่างยิ่ง การทดสอบสามารถดำเนินการกับ tox ได้ โปรดตรวจสอบให้แน่ใจว่าความครอบคลุมอย่างน้อยยังคงเหมือนเดิมก่อนที่คุณจะส่งคำขอดึง
เผยแพร่ภายใต้เงื่อนไขของใบอนุญาต BSD-3 "napari-spatialdata" เป็นซอฟต์แวร์โอเพ่นซอร์สฟรี
หากคุณพบปัญหาใดๆ โปรดแจ้งปัญหาพร้อมกับคำอธิบายโดยละเอียด
Marconato, L. , Palla, G. , Yamauchi, KA และคณะ SpatialData: กรอบข้อมูลแบบเปิดและเป็นสากลสำหรับ Omics เชิงพื้นที่ วิธีการแนท (2024) https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x
