การประชุมเชิงปฏิบัติการข้อมูลเชิงพื้นที่

เวิร์กชอป: ความรู้เบื้องต้นเกี่ยวกับกรอบงาน SpatialData

การติดตั้งแพ็คเกจที่จำเป็น

ใช้คอนดา / แมมบา

เราจะใช้ conda หรือ mamba (เร็วกว่า) เป็นตัวจัดการแพ็คเกจที่นี่ ขึ้นอยู่กับว่ามีอะไรติดตั้งอยู่ในการสอน ซึ่งช่วยให้สามารถตั้งค่าสภาพแวดล้อมทั้งหมดด้วยคำสั่งเดียว

1. สร้างสภาพแวดล้อม conda จากไฟล์ environment.yaml

    # it's recommended to use mamba for faster installation, or set libmamba as the default solver
   # conda config --set solver libmamba
   conda env create -f environment.yaml -y
   
   # alternatively, if you already have a conda environment you'd like to use, you can update it like this
   conda env update --name myenv --file environment.yaml --prune

2. เปิดใช้งานสภาพแวดล้อม

   conda activate spatialdata-workshop

3. ลงทะเบียนสภาพแวดล้อม conda ใน Jupyter

   python -m ipykernel install --user --name spatialdata-workshop --display-name " Python (SpatialData Workshop) "

4. ทางเลือก: ตั้งค่าการเติมข้อมูลอัตโนมัติภายใน Jupter Notebooks

   pip install jupyter_tabnine
   jupyter contrib nbextension install --user
   jupyter nbextension install --py jupyter_tabnine --user
   jupyter nbextension enable --py jupyter_tabnine --user
   jupyter serverextension enable --py jupyter_tabnine --user

5. หาก ณ จุดใดที่คุณแก้ไข environment.yaml และต้องการอัปเดตสภาพแวดล้อม คุณสามารถทำได้ด้วย

   conda env update --name spatialdata-workshop --file environment.yaml --prune

กำลังดาวน์โหลดข้อมูล

1. เปิดใช้งานสภาพแวดล้อมตามที่อธิบายไว้ข้างต้น

   conda activate spatialdata-workshop

2. รันคำสั่งต่อไปนี้เพื่อดาวน์โหลดข้อมูล

    # download the raw data
   python download.py --data_dir data raw visium
   python download.py --data_dir data raw visium_hd
   python download.py --data_dir data raw xenium
   
   # download some already processed data
   python download.py --data_dir data zarr merfish

หมายเหตุเกี่ยวกับข้อมูล:

• ชุดข้อมูลได้รับการประมวลผลด้วยตนเองเพื่อลดขนาดไฟล์โดยการลบข้อมูลบางส่วน ข้อมูลเมตา หรือการลดขนาดรูปภาพบางส่วน เนื่องจากขนาดที่ลดลง ชุดข้อมูลจึงไม่ได้เป็นตัวแทนของข้อมูลต้นฉบับ หรือเทคโนโลยีที่พวกเขาใช้ในการจัดทำโปรไฟล์ ดังนั้นจึงไม่ควรใช้เพื่อเป็นตัวอย่างทางวิทยาศาสตร์หรือการเปรียบเทียบระหว่างเทคโนโลยีต่างๆ
• ชุดข้อมูล MERFISH มาจากไปป์ไลน์ MERFISH ต้นแบบของ Allen Institute และไม่ได้เป็นตัวแทนของเทคโนโลยี MERFISH เชิงพาณิชย์ใหม่ เราเลือกแบบแรกเพราะมันเบาและวิเคราะห์แล้ว

ใช้งานโน้ตบุ๊ก

1. เปิดใช้งานสภาพแวดล้อมตามที่อธิบายไว้ข้างต้น

   conda activate spatialdata-workshop

2. เริ่ม JupyterLab

   jupyter-lab

กิจกรรม

ที่นี่คุณจะพบรายชื่อเวิร์กช็อปที่ผ่านมาของเรา รวมถึงสมุดบันทึกและสไลด์ที่เกี่ยวข้อง

• 09/09/2024: (Tim Treis) สไลด์สมุดบันทึกการประชุม BioTrac Spatial Biology Symposium
• 11/09/2024: (Luca Marconato) สไลด์สมุดบันทึกเวิร์กช็อปการประชุม scverse
• 25/09/2024: (Wouter-Michiel Vierdag, Luca Marconato) ซีรีส์การสัมมนาผ่านเว็บ 'ความก้าวหน้าใน omics เชิงพื้นที่' ของ EBI; (Luca Marconato) สไลด์สมุดบันทึก FoG Live
• 22/10/2024: (Luca Marconato) สไลด์สมุดบันทึก BIOINFO 2024, Gyeongju (เกาหลีใต้)