RCAS

โครงการอาร์ซีเอเอส

การแนะนำ

RCAS เป็นแพ็คเกจ R/Bioconductor ที่ออกแบบมาเป็นเครื่องมือรายงานทั่วไปสำหรับการวิเคราะห์เชิงฟังก์ชันของขอบเขตที่สนใจทั่วทั้งทรานสคริปต์ ซึ่งตรวจพบโดยการทดลองที่มีปริมาณงานสูง ตัวอย่างเช่น บริเวณการถอดรหัสดังกล่าวอาจเป็นจุดสูงสุดของสัญญาณที่ตรวจพบโดยการวิเคราะห์ CLIP-Seq สำหรับตำแหน่งอันตรกิริยาของโปรตีน-RNA, ตำแหน่งการดัดแปลง RNA (นามแฝงว่า เอพิทรานสคริปโตม), ตำแหน่งแท็ก CAGE หรือการรวบรวมอื่น ๆ ของขอบเขตการสืบค้นที่ระดับของ การถอดเสียง RCAS สร้างบทสรุปคำอธิบายประกอบเชิงลึกและโปรไฟล์ความครอบคลุมตามการกระจายของขอบเขตการสืบค้นที่เกี่ยวข้องกับคุณลักษณะการถอดเสียง (exons, introns, ขอบเขต UTR 5'/3', ขอบเขต exon-intron, ขอบเขตโปรโมเตอร์) นอกจากนี้ RCAS ยังสามารถดำเนินการวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าการทำงานและการค้นพบแรงจูงใจแบบเลือกปฏิบัติได้ RCAS รองรับจีโนมเวอร์ชันทั้งหมดที่มีอยู่ใน BSgenome::available.genomes

การติดตั้ง:

การติดตั้งจาก Bioconductor

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('RCAS')

การติดตั้งเวอร์ชันการพัฒนาจาก Github

 library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')

ติดตั้งผ่านช่อง Bioconda

conda install bioconductor-rcas -c bioconda

การติดตั้งผ่าน Guix

guix package -ir r-rcas

การใช้งาน:

บทความเกี่ยวกับแพ็คเกจและคู่มืออ้างอิง

สำหรับคำแนะนำโดยละเอียดเกี่ยวกับวิธีใช้ RCAS โปรดดู:

• บทความสั้นของแพ็คเกจสำหรับการวิเคราะห์ตัวอย่างเดียว
• แพ็คเกจบทความสั้นสำหรับการวิเคราะห์หลายตัวอย่าง
• คู่มืออ้างอิงสำหรับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับฟังก์ชันโดยละเอียดที่มีอยู่ใน RCAS

กรณีการใช้งานจากชุดข้อมูล omics ที่ใช้ RNA ที่เผยแพร่

กรณีการใช้งานการวิเคราะห์หลายตัวอย่าง

• ดูรายงานตัวอย่างเปรียบเทียบบริเวณจุดสูงสุดที่ค้นพบผ่านการทดลองลำดับ CLIP ของโปรตีนที่จับกับ RNA FUS โดย Nakaya et al, 2013, Synaptic Functional Regulator FMR1 โดย Ascano และคณะ 2012 และปัจจัยการเริ่มต้นยูคาริโอต 4A-III โดย Sauliere และคณะ 2012

กรณีการใช้งานการวิเคราะห์ตัวอย่างเดี่ยว

• รายงาน RCAS สำหรับไซต์ที่มีผลผูกพัน PUM2 RNA ที่ตรวจพบโดยเทคนิค PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • อินพุต: PARCLIP_PUM2_Hafner2010b_hg19

• รายงาน RCAS สำหรับไซต์ที่มีผลผูกพันกับ QKI RNA ที่ตรวจพบโดยเทคนิค PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • อินพุต: PARCLIP_QKI_Hafner2010c_hg19

• รายงาน RCAS สำหรับไซต์ที่มีผลผูกพัน RNA IGF2BP123 ที่ตรวจพบโดยเทคนิค PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • อินพุต: PARCLIP_IGF2BP123_Hafner2010d_hg19

• รายงาน RCAS สำหรับตำแหน่ง RNA (tiRNA) ขนาดเล็กที่ตรวจพบโดยการวิเคราะห์ deepCAGE (Taft et al. 2009)

  • อินพุต: human_FANTOM4_tiRNAs.bed

• รายงาน RCAS สำหรับ m ¹ A ไซต์เมทิลเลชั่น (Dominissini et al, 2016)

  • อินพุต: GSE70485_human_peaks.txt.gz

การอ้างอิง

หากต้องการอ้างอิง RCAS โปรดใช้:

โบรา อูยาร์, ดิลมูรัต ยูซุฟ, ริคาร์โด้ วูร์มุส, นิโคเลาส์ ราเยวสกี้, อูเว่ โอห์เลอร์, อัลทูน่า อคาลิน; RCAS: ระบบคำอธิบายประกอบแบบ RNA เป็นศูนย์กลางสำหรับขอบเขตที่สนใจทั้งการถอดเสียง กรดนิวคลีอิก Res 2017 gkx120 ดอย: 10.1093/nar/gkx120

ดูสิ่งพิมพ์ของเราที่นี่

รับทราบ

RCAS ได้รับการพัฒนาในกลุ่ม Altuna Akalin (หัวหน้าของ Scientific Bioinformatics Platform) โดย Bora Uyar (นักวิทยาศาสตร์ชีวสารสนเทศ), Dilmurat Yusuf (นักวิทยาศาสตร์ชีวสารสนเทศศาสตร์) และ Ricardo Wurmus (ผู้ดูแลระบบ) ที่ Berlin Institute of Medical Systems Biology (BIMSB) ที่ Max-Delbrueck-Center for Molecular Medicine (MDC) ในกรุงเบอร์ลิน

RCAS ได้รับการพัฒนาเป็นบริการชีวสารสนเทศศาสตร์โดยเป็นส่วนหนึ่งของ RNA Bioinformatics Center ซึ่งเป็นหนึ่งในแปดศูนย์กลางของเครือข่ายโครงสร้างพื้นฐานชีวสารสนเทศศาสตร์แห่งเยอรมนี (de.NBI)