qtl power

กิจวัตรการคำนวณกำลังสำหรับการออกแบบการศึกษา GWAS

นี่คือไลบรารีสำหรับคำนวณกราฟกำลังอย่างรวดเร็วสำหรับผลที่ตรวจพบที่คาดหวังในการศึกษาความสัมพันธ์ของจีโนมทั่วทั้งจีโนม

การติดตั้ง

หากคุณสนใจที่จะติดตั้งแพ็คเกจนี้เพื่อใช้โดยตรงภายในสคริปต์หรือโน้ตบุ๊ก โปรดเรียกใช้:

 git clone https://gitlab.com/data-analysis5/qtl-power.git
cd qtl-power
pip install .

เพื่อติดตั้งโดยตรงจากแหล่งที่มา

การสำรวจเชิงโต้ตอบผ่านโน้ตบุ๊ก

หากคุณสนใจประสบการณ์แบบโต้ตอบมากขึ้นเป็นหลัก คุณสามารถใช้สมุดบันทึกที่สร้างไว้ล่วงหน้าของเราหลายเครื่องได้ทันทีผ่านลิงก์ mybinder ด้านบน ซึ่งจะทำให้คุณสามารถใช้ไลบรารีเพื่อสร้างแปลงที่ใช้กันทั่วไปสำหรับการเปรียบเทียบพลังงานสำหรับการเชื่อมโยงทางพันธุกรรมโดยอิงตามพารามิเตอร์อินพุตหลายรายการ

เอกสารประกอบ

ขณะนี้เอกสารถูกเก็บไว้ในไดเร็กทอรี /docs และสร้างขึ้นโดยใช้ Sphinx หากต้องการสร้างเอกสารใหม่:

 cd docsrc
make clean html copy
cd ..
git add docs/

จากนั้นสร้างการคอมมิตที่จะสร้างชุดเอกสารที่อัปเดต

อ้างอิง

• Matti Pirinen (บันทึกหลักสูตร GWAS)
• Andriy Derkach, Haoyu Zhang, Nilanjan Chatterjee, การวิเคราะห์กำลังสำหรับการทดสอบความสัมพันธ์ทางพันธุกรรม (PAGEANT) ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับความท้าทายสำหรับการศึกษาการเชื่อมโยงตัวแปรที่หายาก, ชีวสารสนเทศศาสตร์, เล่มที่ 34, ฉบับที่ 9, 01 พฤษภาคม 2018, หน้า 1506–1513, https://doi .org/10.1093/bioinformatics/btx770
• เจนนิเฟอร์ ลี จอห์นสัน, เครื่องคิดเลข Goncalo Abecasis GAS