โปรเอบีซี 2

โปรเอบีซี-2

ทำนายแอนติบอดีที่ตกค้างซึ่งจะทำการสัมผัสกับแอนติเจนและประเภทของปฏิกิริยาโดยใช้โครงข่ายประสาทเทียมแบบ Convolutional (CNN)

การติดตั้ง

proABC-2 มีจำหน่ายทั้งแบบโลคัลในรูปแบบแพ็คเกจ Python และคอนเทนเนอร์ Docker ดูคำแนะนำด้านล่างสำหรับแต่ละกรณี

นักเทียบท่า

อิมเมจนักเทียบท่ามีอยู่ใน Github Container Registry และสามารถดึงได้โดยใช้คำสั่งต่อไปนี้:

docker pull ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest

ท้องถิ่น

proABC-2 มีการขึ้นต่อกันของบุคคลที่สามที่ต้องติดตั้งก่อนใช้งานซอฟต์แวร์

proABC-2 พร้อมใช้งานบน PyPI และสามารถติดตั้งได้โดยใช้ pip โดยใช้ Python3.7:

 pip install proabc-2

นอกจากนี้ยังขึ้นอยู่กับซอฟต์แวร์ของบริษัทอื่นสองแห่ง ได้แก่ HMMER และ IGBLAST โปรดดูข้อมูลเพิ่มเติมในส่วนของบริษัทอื่น

ตัวอย่าง (ท้องถิ่นและนักเทียบท่า)

ตั้งค่าข้อมูลเพื่อเรียกใช้ตัวอย่าง:

• สร้างโฟลเดอร์ชื่อ proabc2-prediction ในไดเร็กทอรีราก

mkdir proabc2-prediction

• สร้างไฟล์ fasta ที่หนักและเบา ภายใน proabc2-prediction ด้วยเนื้อหาต่อไปนี้:

APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta">

 echo ">APDB_HnEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTNYGMNWVRQAPGKGLEWVGWINTYTGEPTYAADFKRRFTFSLDTSKSTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYPHYYGSSHWYFDVWGQGTLVTVSS" > proabc2-prediction/heavy.fasta

APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta">

 echo ">APDB_LnDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASQDISNYLNWYQQKPGKAPKVLIYFTSSLHSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYSTVPWTFGQGTKVEIKRTV" > proabc2-prediction/light.fasta

การดำเนินการ (นักเทียบท่า)

docker run 
  --rm 
  --user $( id -u ) : $( id -g ) 
  -v ` pwd ` :/data 
  ghcr.io/haddocking/proabc-2:latest 
  proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

การดำเนินการ (ท้องถิ่น)

 proabc2 proabc2-prediction/ heavy.fasta light.fasta

ผลลัพธ์

เอาต์พุตจะอยู่ในโฟลเดอร์เดียวกันกับไฟล์อินพุต โดยตั้งชื่อเป็น heavy-pred.csv และ light-pred.csv

ประกอบด้วยหลายคอลัมน์:

• Chothia : ตำแหน่งของสารตกค้างตามรูปแบบการกำหนดหมายเลข Chothia
• ลำดับ : ประเภทสารตกค้างสำหรับแต่ละตำแหน่ง
• pt : ความน่าจะเป็นที่จะเกิดปฏิกิริยาทั่วไปกับแอนติเจน
• hb : ความน่าจะเป็นที่จะสร้างพันธะไฮโดรเจนกับแอนติเจน
• hy : ความน่าจะเป็นที่จะทำปฏิกิริยาที่ไม่ชอบน้ำกับแอนติเจน

โชเธีย	ลำดับ	จุด	HB	เฮ้
1	อี	0.23	0.17	0.24
2	วี	0.23	0.15	0.23
3	ถาม	0.14	0.14	0.16
-	-	-	-	-

$ head proabc2-prediction/ * pred.csv
== > proabc2-prediction/heavy-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,E,0.24,0.18,0.24
1,2,V,0.25,0.15,0.25
2,3,Q,0.16,0.16,0.17
3,4,L,0.14,0.14,0.17
4,5,V,0.14,0.15,0.15
5,6,E,0.16,0.16,0.16
6,7,S,0.14,0.16,0.13
7,8,G,0.17,0.13,0.16
8,9,G,0.14,0.14,0.15

== > proabc2-prediction/light-pred.csv < ==
,Chothia,Sequence,pt,hb,hy
0,1,D,0.25,0.18,0.2
1,2,I,0.23,0.15,0.2
2,3,Q,0.15,0.16,0.17
3,4,M,0.15,0.14,0.15
4,5,T,0.16,0.15,0.16
5,6,Q,0.15,0.16,0.14
6,7,S,0.15,0.14,0.12
7,8,P,0.15,0.14,0.13
8,9,S,0.14,0.14,0.14

proABC-2 ยังยอมรับลำดับ DNA ของสายแอนติบอดีและใช้ โมดูล Biopython Seq สำหรับการแปลเป็นลำดับโปรตีน

การอ้างอิง

• เอฟ. อัมโบรเซ็ตติ, ทีเอช โอลเซ่น, พีพี โอลิมปิเอรี, บี. ฆิเมเนซ-การ์เซีย, อี. มิลาเน็ตติ, พี. มาร์คาติลลี่, AMJJ Bonvin "proABC-2: การทำนายของ AntiBody Contacts v2 และการประยุกต์ใช้กับการเชื่อมต่อที่ขับเคลื่อนด้วยข้อมูล", Bioinformatics , , btaa644,